Οι ειδικοί παιδαγωγοί εργάζονται με παιδιά και εφήβους που αντιμετωπίζουν διάφορα προβλήματα μάθησης. Ασχολούνται επίσης με παιδιά που παρουσιάζουν αναπτυξιακές δυσκολίες όπως αυτισμό ή καθυστέρηση για να τους διδάξουν κυρίως ικανότητες επιβίωσης και βασικές γραμματικές γνώσεις. Πιο συχνά οι ειδικοί παιδαγωγοί δουλεύουν με παιδιά που εμφανίζουν μεσαίας βαρύτητας δυσκολίες χρησιμοποιώντας το εκπαιδευτικό πρόγραμμα ειδικής αγωγής ή τροποποιώντας το προκειμένου να το προσαρμόσουν στις ατομικές ανάγκες των παιδιών με τα οποία εργάζονται. Οι περισσότεροι ειδικοί παιδαγωγοί εργάζονται με παιδιά του δημοτικού, του γυμνασίου και του Λυκείου αν και συχνά υποστηρίζουν παιδιά νηπιακής και προνηπιακής ηλικίας με στόχο την ανάπτυξη λόγου, κίνησης, κοινωνικών και γνωστικών δεξιοτήτων συχνά μέσα από το παιχνίδι.
Τα προγράμματα ειδικής αγωγής αφορούν παιδιά που παρουσιάζουν ειδικές μαθησιακές δυσκολίες, διαταραχές λόγου και ομιλίας, νοητική στέρηση, συναισθηματικές διαταραχές, πολυαισθητηριακές αναπηρίες, προβλήματα ακοής ή όρασης, εγκεφαλικές παραλύσεις, αυτισμό, μετατραυματικές αναπηρίες και άλλα σοβαρά προβλήματα υγείας. Η πρώιμη αναγνώριση των ειδικών αναγκών ενός παιδιού αποτελεί ένα σημαντικό μέρος της δουλειάς του ειδικού παιδαγωγού, παράλληλα η πρώιμη παρέμβαση είναι απαραίτητη στην εκπαίδευση των παιδιών με δυσκολίες. Οι ειδικοί παιδαγωγοί χρησιμοποιούν διάφορες τεχνικές για να διευκολύνουν την μάθηση. Ανάλογα την δυσκολία του παιδιού οι εκπαιδευτικές στρατηγικές μπορεί να περιλαμβάνουν εξατομικευμένη εκπαίδευση, τεχνικές επίλυσης συγκεκριμένων προβλημάτων και εργασία σε μικρές ομάδες. Όταν οι μαθητές χρειάζονται ειδικές ρυθμίσεις προκειμένου να υποβληθούν σε ένα τεστ οι ειδικοί παιδαγωγοί παρέχουν τα απαραίτητα, όπως μετατροπή γραπτών ερωτήσεων σε προφορικές, στάθμιση του χρόνου εξέτασης κ.ά.
Τα εξατομικευμένα ειδικά προγράμματα που αναπτύσσουν οι ειδικοί παιδαγωγοί προσδιορίζουν συγκεκριμένους στόχους για κάθε μαθητή ανάλογα με τις ατομικές ανάγκες και ικανότητες. Όταν κρίνεται απαραίτητο τα προγράμματα αυτά περιλαμβάνουν ένα πρωτόκολλο που περιγράφει συγκεκριμένα στάδια προετοιμασίας των μαθητών με δυσκολίες για το γυμνάσιο ή το λύκειο ή στην περίπτωση μεγαλύτερων μαθητών για την εργασία ή την ανώτερη εκπαίδευση. Τα προγράμματα αυτά ανακοινώνονται στους μαθητές, στους γονείς, στους διευθυντές του σχολείου και στους υπόλοιπους δασκάλους γενικής εκπαίδευσης των παιδιών. Οι ειδικοί παιδαγωγοί συνεργάζονται στενά με τους γονείς προκειμένου να τους πληροφορήσουν για την πρόοδο του παιδιού και να προτείνουν τεχνικές διευκόλυνσης της μάθησης στο σπίτι.Οι ειδικοί παιδαγωγοί δραστηριοποιούνται όσον αφορά την κοινωνική, ακαδημαϊκή και ψυχοσυναισθηματική ανάπτυξη των μαθητών προωθώντας τους στην απόκτηση αυτοπεποίθησης και κοινωνικής αποδοχής. Η προετοιμασία των μαθητών για την καθημερινή διαβίωση μετά το τέλος του σχολείου και η αποδεκτή κοινωνική συμπεριφορά είναι ένα πολύ σημαντικό κομμάτι της δουλειάς των ειδικών παιδαγωγών. Οι ειδικοί παιδαγωγοί παρέχουν συμβουλές επαγγελματικού προσανατολισμού και βοηθούν στην εκμάθηση ικανοτήτων της καθημερινότητας, όπως για παράδειγμα είναι η διατήρηση ενός τραπεζικού λογαριασμού. Οι ειδικοί παιδαγωγοί χρησιμοποιούν ψηφιακά προγράμματα και άλλο υλικό εξοπλισμό όπως οπτικοακουστικά μέσα προκειμένου να βοηθήσουν τους μαθητές τους.
Ολοένα και περισσότερο σήμερα οι ειδικοί παιδαγωγοί δουλεύουν μαζί με τους δασκάλους σε τάξεις γενικής εκπαίδευσης. Βοηθώντας τους συναδέλφους τους να προσαρμόσουν τα εκπαιδευτικά προγράμματα ανάλογα με τις δυσκολίες των μαθητών τους και συντονίζοντας την δουλειά δασκάλων, θεραπευτών, ψυχολόγων, γονιών, κοινωνικών λειτουργών και όλων όσων ασχολούνται με κάποιο συγκεκριμένο μαθητή με ειδικές ανάγκες.